Район в Северном нагорье, на котором стоит Glenmorangie, был местом для производства алкоголя (в основном незаконного) со времен Средневековья. Glenmorangie была основана в 1843 году, хотя производство началось только в 1849 году. Основателями были братья Джон и Уильям Матерен (Mathesen).
В 1918 году 40% винокурни было продано крупнейшему клиенту Glenmorangie Distillery Company Limited Макдональду и Мюиру, а 60% было продано компании Durham, занимающейся продажей виски. С новыми владельцами производство продолжалось успешно. В 1931 году, из-за глобальной финансовой депрессии и американского "сухого" закона, винокурня была вынуждена закрыться. После консервации в течение пяти лет винокурня была вновь открыта в 1936 году. Производство развивалось, и в 1980 году количество перегонных кубов было удвоено до четырех, чтобы справиться с увеличением спроса. Десять лет спустя, количество кубов было снова удвоено в общей сложности до восьми.
В 1994 году на винокурне был открыт центр для посетителей, а в 1997 году на площадке был открыт музей, посвященный истории Glenmorangie и производства односолодового виски.
В 2004 году семья Макдональд решила продать Glenmorangie, а также другие винокурни, которыми они владели, в том числе Ardberg компании Moet Hennessy, которые запустили ребрендинг Glenmorangie, прекратив 15 и 30-летние розливы и полностью переименовали другие